Los hábitats que se encuentren dentro de los humedales dependerán principalmente de las agregaciones vegetacionales, es decir de los tipos diferentes de grupos de plantas. A continuación se revisan los más comunes, sin embargo dependerá de cada humedal las características que ahí se puedan encontrar. Las aves también varían entre los distintos hábitat por lo mismo para tener un buen censo de aves de humedales las estaciones deben abarcar la mayoría de los hábitat que ahí se encuentren.
Praderas: caracterizados por la presencia de pastos de muy baja altura. En ellos se encuentran principalmente las taguas, colegiales, etc.
Ambientes costeros: se caracterizan por una baja vegetación. Orillas mayoritariamente arenosas o fangosas y cercanos a las desembocaduras. Fuerte predominio de las aves costeras, Gaviotas, Pilpilenes, Playeros.
Lodazales: sectores fangosos donde crece nada o muy poca vegetación. Normalmente en estuarios con diferencias de mareas. No poseen una alta diversidad de aves, encontrándose a los perritos, becasinas
Espejo de agua: corresponde a la porción de agua del lago o laguna. En este lugar se encuentra la mayoría de las especies, principalmente zambullidores, taguas y patos.